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Die Wurzeln des Instituts für Botanik der Technischen Universität Dresden reichen länger zurück als die Geschichte der Universität selbst. Der Botanische Garten und das Königliche Naturalienkabinett in Dresden sind dabei ebenso zu nennen wie die Namen der großen Botaniker in Dresden im 19. Jahrhundert wie Ludwig Reichenbach und Oscar Drude und im 20. Jahrhundert Friedrich Tobler und Werner Hempel, die an der Technischen Hochschule/Universität lehrten und forschten. 

Das Hauptgebäude der TH Dresden und auch das Botanische Institut befanden sich in der Nähe des Hauptbahnhofs Dresden und wurden 1945 zerstört. Noch in demselben Jahr erfolgte die Wiederaufnahme des Lehrbetriebs der Botanik, bis im Zuge der dritten sozialistischen Hochschulreform ("Gesetz über das einheitliche sozialistische Bildungssystem" vom 25. Februar 1965) das Institut für Botanik an der Technischen Universität Dresden 1968 geschlossen wurde. Erst nach Wiederherstellung des Freistaats Sachsen und nach Empfehlung der sächsischen Hochschulkommission erfolgte die Neugründung des Instituts für Botanik.

Das Herbarium Dresdense mit etwa 500.000 Pflanzenbelegen wird durch das Institut für Botanik geführt und der Öffentlichkeit zunehmend auch digital zur Verfügung gestellt. Zu dem Herbarium Dresdense gehören auch historische Sammlungen, die vom Institut erworben wurden. Innerhalb des Landesdigitalisierungsprogramms werden handschriftliche Herbarverzeichnisse und Herbarbelege digitalisiert.